Hola,
Puede deberse a permisos del sistema de archivos, la existencia de SELinux que bloquea la ejecución, o por permisos de Apache para invocar programas externos... Es decir el origen del problema puede ser de uno o más errores de configuración.
¿Has probado con el método de ejecución 'script' disponible como opción en el método?
Saludos.