Hola,
Ese es el comportamiento predeterminado de MS Word, heredar los estilos en footnotes/endnotes. Si quieres utilizar otros estilos tienes que definirlos, por ejemplo con un WordFragment como nuestro anterior ejemplo utiliza:
$htmlCode = '<p>Texto</p>';
$html->embedHTML($htmlCode);
$footnote->addFootnote(
array(
'textDocument' => 'footnote',
'textFootnote' => $html,
'footnoteMark' => array(
'bold' => true
)
)
);
$text = array();
$text[] = array('text' => 'Here comes the ');
$text[] = $footnote;
$text[] = array('text' => ' and some other text.');
Saludos.