Hola,
No todos los tipos de gráfica permiten mostrar el porcentaje en sus valores de manera automatizada. Por ejemplo, si creas con MS Word una gráfica de tipo pie, en las opciones Format Data Labels puedes encontrar la opción Percentage en Label Options. Esta es la opción que habilita showPercent.
Este no es el caso de las gráficas clustered column y similares, que necesitan hacer uso de la opción Number y definir el Format Code correspondiente por cada serie. La opción formatCode actualmente disponible en phpdocx está destinada a ser utilizada con el eje X, no con las series/labels. Hemos creado una tarea para incluir soporte en una futura versión de phpdocx.
Saludos.