Hola,
Ese es el funcionamiento predeterminado de PHP. Los objetos son pasados por referencia, no por valor.
Puedes utilizar la función clone de PHP (https://www.php.net/manual/en/language.oop5.cloning.php):
$a = new WordFragment($docx, 'document');
$a->addText('Primer parrrafo');
$b = clone $a;
$a->addText('Segundo parrrafo');
Aunque las últimas versiones de PHP 8 están añadiendo restricciones en el clonado de objetos que contengan elementos DOM.
Saludos.