Hola,
Efectivamente, tal como comentas es necesario utilizar la opción conditionalFormatting de addTable. El ejemplo examples/LayoutAndGeneral/createTableStyle/sample_3.php disponible en el paquete lo ilustra.
El método createTableStyles cuenta con las opciones detalladas en su página de documentacion (https://www.phpdocx.com/api-documentation/layout-and-general/create-Word-custom-table-style-with-PHP). Las opciones no disponibles en este método se pueden utilizar mediante las opciones correspondientes de addTable. En futuras nuevas versiones de phpdocx se irán incorporando nuevas opciones para ambos métodos.
Saludos.