Hola,
Puedes hacer las pruebas correspondientes con el documento generado tras eliminar la sección con tu licencia actual de phpdocx 8.5 y abrirlo con el paquete trial de phpdocx 13 disponible (https://www.phpdocx.com/download_trial).
En todo caso, no recomendamos eliminar la última sección de un documento DOCX, ya que es un contenido necesario para un DOCX y su correcta lectura por visores DOCX. A partir de phpdocx 12, si un documento DOCX no contiene una etiqueta de sección en su final (w:body/w:sectPr), una nueva etiqueta de sección con valores por defecto es añadida al documento:
<w:sectPr><w:pgSz w:w="11906" w:h="16838"/><w:pgMar w:top="1417" w:right="1701" w:bottom="1417" w:left="1701" w:header="708" w:footer="708" w:gutter="0"/><w:cols w:space="708"/><w:docGrid w:linePitch="360"/></w:sectPr>
Saludos.