Hola,
Los elementos tipo block se deben añadir invocando su método directamente, no mediante addText. El método addText los añade como contenido inline.
Es decir, directamente al documento:
$docx->addStructuredDocumentTag('checkbox', ['fontSize' => 9, 'checked' => true]);
O como elemento WordFragment utilizando addWordFragment u otros métodos compatibles con WordFragments de tipo block:
$wordFragment = new WordFragment($docx);
$wordFragment->addStructuredDocumentTag('checkbox', ['fontSize' => 9, 'checked' => true]);
$docx->addWordFragment($wordFragment);
Saludos.