Hola,
Lo sentimos pero no sabemos qué configuración interna puede estar definida en la plantilla que estáis utilizando que está añadiendo esos valores predeterminados para las gráficas; quizás algún tema o esquema por defecto definido al crear la plantilla.
El método addChart (https://www.phpdocx.com/api-documentation/word-content/add-chart-Word-document-with-PHP) incluye la opción color para definir el color scheme utilizado por la gráfica. En el paquete hay varios ejemplos incluidos utilizando esta opción.
Saludos.