Hola,
El método clearBlocks (https://www.phpdocx.com/api-documentation/templates/removes-block-variable-from-Word-template) solo borra las variables (placeholders) de tipo de bloque que existen en el documento. En la versión 8.5 y anteriores el método funcionaba igual.
Por defecto las variables de tipo bloque se definen como $BLOCK_. En la página https://www.phpdocx.com/documentation/practical/blocks, puedes encontrar más información relacionada con bloques.
Las variables que no sean de tipo bloque se pueden eliminar con el método removeTemplateVariable (https://www.phpdocx.com/api-documentation/templates/remove-template-variable).
Saludos.