Hola,
En la versión estable de phpdocx no existe un método directo para cambiar los colores de un SmartArt.
Utilizando una licencia Premium se podría hacer uso de DOCXCustomizer y un código personalizado para realizar esta tarea. Para esto, necesitarías una licencia Premium y enviar un DOCX de ejemplo a contact[at]phpdocx.com.
Saludos.