Hola,
Lo sentimos, pero no sabemos por qué antes un código te funcionaba y ahora no. Crear un directorio en /var/www.config no afecta a otros directorios ni archivos, y la función putenv funciona solo mientras corre el script, finalizada su ejecución el valor de HOME vuelve a su valor original.
Como funciona de manera standalone la conversión, el problema debe venir por alguna configuración que esté pisando PHP o que el directorio HOME utilizado no es el correcto o exista algún problema en el controlador. Te recomendamos revisar los logs del servidor y obtener/definir los valores de HOME para el usuario del servidor web para encontrar el origen del problema.
Si mandas a contact[at]phpdocx.com acceso por SSH al servidor, la ruta donde está instalado phpdocx y una URL para probarlo mediante una navegador web, accederemos para hacer las pruebas y configuraciones necesarias.
Saludos.