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¿Qué ocurre cuando ejecutas ese script que dices que no utiliza phpdocx haciendo una llamada al servidor? ¿Se ejecuta correctamente?

No se ejecuta correctamente, la llamada se queda pensando como si el servidor se quedara "pillado".

Si utilizo PHPDocx me devuelve un error de:

<b>Source:</b> Microsoft Word<br/><b>Description:</b> El comando no está disponible porque no hay ningún documento abierto.

Es un tanto extraño que me funcione bien dentro del servidor y fuera no, como bien dices es posible que sea un problema de configuración del servidor pero no consigo saber cuál es el error y porqué sucede.